生物滤池除臭主要应用于垃圾填埋场、污水处理厂、化工厂等恶臭气体产生的区域。工作原理就是在滤池内放好一定滤料，当废气从上到下自上滤过的时候，废气与滤料不断接触，这样微生物就可以在滤料表面繁殖再生，形成生物膜。而生物膜就是由各种微生物组成的一个生态膜系统，微生物从废气中吸取污染物作为养料，并能够在代谢过程中获得生存所需的能量，而后形成新的微生物群落。
生物滤池除臭设备中的生物膜达到一定厚度时，氧气就不能进入生物膜内部，造成内部的厌氧状态，生物膜的附着力就减弱了。水流冲刷后，生物膜就会脱落，然后在滤料上又长出新的生物膜。经过多次循环，废气等恶臭污染因子就被净化了。
