新鲜香菇在采摘后30℃以下可以自然储存5～7天，但由于新鲜香菇从产地到达市场需要经历2～4次中介商转手，因此会造成对新鲜香菇的损伤，保鲜期进一步缩短。
1．短期保存方法
新鲜的香菇不要沾水，以免腐烂，伞朝下柄朝上放在保鲜袋里，扎几个透气孔，放在冰箱里冷藏，可保鲜一星期左右。新鲜香菇在5℃左右可以保存15天左右，但是由于在运输途中已经受到损伤，这个保鲜期会缩短，所以在冰箱中储藏不要超过一周，食用期应该在3天以内。
2．长期保存方法
若想长期保存，可直接将新鲜的香菇放入保鲜袋，挤去空气，放进冷冻室冷冻一夜；第二天拿出来时会发现香菇已脱掉水分，只有表面留有水分及保鲜袋上留有密密的小水珠。这时，把香菇拿出来，用纸片吸掉香菇表面的水分之后，装进另一个干净的保鲜袋，重新放入冰箱冷冻保存。这样处理之后，新鲜香菇就变成可以直接烹饪的冻干香菇了。
注意事项：如果发现香菇水分比较多（菇伞颜色偏黑），不要急于将香菇放进冰箱保存，摊开香菇放置于阴凉的地板上晾晒几个小时，待菇伞颜色变成灰色后或显得干燥后再放进冰箱储存；任何时候发现香菇菇伞发黑就应该丢弃，发黑的香菇就已经变质了，其气味也有所变化，如果有发黑的香菇要及时丢弃，因为混在一起会影响其它的香菇。
3．低温贮存：香菇必须在低温通风处贮存，有条件的可把装香菇的容器密封后置于冰箱中冷藏或冷冻贮存。
4．避光贮存：光线中的红外线会使香菇升温，紫外线会引发光化作用，从而加速香菇变质。因此，必须避免在强光下贮存香菇，同时也要避免用透光材料包装。
5．单独贮存：香菇具有的吸附性，必须单独贮存，即装贮香菇的容器不得混装其他物品，贮存香菇的库房不宜混贮其他物资。另外，不得用有气味挥发的容器或吸附有异味的容器装贮香菇。
