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膜污染很大程度是膜与混合液之间的相互作用的影响结果，混合液的性质包括污泥浓度和黏度、颗粒分布、溶解性有机物浓度、微生物代谢产物浓度等。污泥浓度较低时，污泥对有机物的吸附降解能力不足，混合液中有机物浓度增加，膜孔堵塞严重，浓差极化引起膜表面溶质的浓度显著提高易形成凝胶层，导致过滤阻力增加；当污泥浓度高于一定值时，EPC浓度增加，污泥黏度增长快速，黏度对膜通量和混合液中气泡大小都会产生影响，污泥易在膜表面沉积，形成较厚的污泥层。一般认为污泥浓度存在一个临界值，当污泥浓度高于该值时，对膜通量将产生不利影响，所以可以选择污泥浓度控制在合适的范围内来有效的控制膜污染。污泥膨胀和污泥细碎易引起严重的膜污染。另MBR工艺的进水水质对混合液组分也有较大的影响，需要进行一定程度的预处理，比如：毛发垃圾物质会缠绕模式，造成膜组件积泥从而导致膜污染，需要在进入好氧生化前采用不同的细膜格栅去除；泥砂等硬度较大的颗粒可能会损伤膜丝，需要采用沉砂池去除；油类对膜丝造成无法清洗的污染，超过要求需要通过隔油、气浮等去除；无机物：可能在膜表面析出、结垢，堵塞膜孔。可通过絮凝沉淀或调整pH控制其不析出。

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养殖场污水中污染物主要来源于富禽的排泄物。因此，提高饲料的消化率，减少富禽粪便（主要是未经消化吸收的饲料）排放量是控制污染的首要环节。提高饲料消化率的途径很多，例如：应用饲料报酬高的新品种；应用主要氨基酸平衡理论配制猪、禽饲料，可以比《标准》降低2个百分点的粗蛋白，不仅减少蛋白质的投入，也减少含氨物的排放；在饲料中添加各种酶制剂可以提高相应营养素的消化率，降低投入量，减少排放量（例如植酸酶可以提高磷的消化率）：由此可见，提高饲料消化率不仅是控制污染的首要环节，也是提高养殖业经济效益的主要措施，我们应该给以高度重视。
采用水冲式清类的养猪场，使用固液分离机将所排污水中的固形物分离出来，使污水中的有机质大幅度下降。目前，我省养猪场普递采用的干出奏法，就是适合我国国情有效的方法。

按照硝化与反硝化是否在同一个反应器中发生，能够把MBR脱氮工艺分为了单一反应器间歇曝气MBR脱氮工艺、厌氧一好氧MBR脱氮工艺。
单一反应器的间歇曝气MBR脱氮工艺主要是采用了序批式反应器（SBR）的运行方式，经过限制曝气与半曝气的运行方式，在时间序列上实现了缺氧和好氧组合，而厌氧与好氧MBR脱氮技术就与传统厌氧-好氧脱氮的技术十分类似，前置反硝化缺氧运行下，含碳有机物去除、含氮有机物氧化、氨氮硝化在好氧的条件下运行。
SBR运行的方式MBR脱氮稳定性比传统的MBR脱氮效果更好。在好氧的条件下，氨氮在经过了硝化作用后，转变硝态氮、亚硝态氮，废水中的总氮含量不会出现任何的变化，为有效的提升总氮去除效率，在MBR前增加设置了缺氧区、回流装置形成了厌氧--好氧的运行方式，总氮去除效率高就达到了96%，在未增设的缺氧区与回流的装置下，总氮去除效率仅仅是60%，厌氧--好氧MBR中的厌氧反应器与好氧反应器对其氨氮去除效率分别是31％—43％和47％—64％，好氧反应器运行的状况对氨氮去除的效果影响是大的，因为厌氧--好氧MBR之前就增设了缺氧池，为系统的反硝化创造出良好地条件，所以厌氧—好氧MBR脱氮工艺的脱氮效果就好一点，但是厌氧与好氧MBR脱氮工艺的流程相对较长，不能关切需要增加回流设备与能耗。