在观察某些特定物体的时候，我们需要用到荧光显微镜。荧光显微镜是利用的高发光率的点光源，经过滤色后得到一定波长的激发光，用激发光来激发被检物中荧光物质而发出各种颜色的荧光，通过显微镜放大而成像的装置。由于背景不会被激发出荧光，故与被检物形成强烈的反差，这有利于分辨被检物，即使荧光微弱，也能轻易识别，敏感性非常高，主要应用在细胞结构功能和化学成分的研究。
荧光显微镜的结构与普通光学显微镜类似，其主要区别在于荧光显微镜增加了荧光光源、双色束分离器、激发滤片、阻断滤片等附件。其荧光光源多为超高压汞灯，能发出各种波长的光，且每种荧光物质都会有一个产生zui强荧光的激发光波长，这时需要加激发滤片，通常有紫外、紫色、蓝色及绿色激发片，仅需使一定波长的激发光透过比照射到标本上并将其他光都吸收掉。在每种物质被激发光照射后，更可在极短时间内发射出比照射波长更长的可见荧光。
值得注意的是，荧光一般具有专一性，通常比激发光弱，在使用荧光显微镜时，为了能观察到效果更好的荧光，应在物镜后加阻断或压制滤光片。它有两个作用，一是吸收或者阻断激发光进入目镜，避免干扰荧光的影响和对眼睛的伤害。第二可以选择且使特异的荧光透过，更能够表现出专一的荧光色彩。我们使用时荧光两种滤光片配合使用。
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